أسست الجامعة وفق قانون تأسيس الكليات والجامعات الأهلية في العراق رقم (13) لسنة 1996 المعدل, وذلك باسم: ((جامعة الامام جعفر الصادق (ع) الأهلية)) وان الجهة المعتمدة في تسجيلها لدى وزارة التعليم العالي والبحث العلمي , مؤسسة دار الإسلام الثقافية الخيرية , فهي الجهة المسؤولة عن رعاية هذه الجامعة , وإدارة شؤونها حسب القانون. وبناء على ذلك تمت مصادقة مجلس الوزراء على الجامعة بجلسة الاعتيادية بتاريخ 2/1/2008 وبعدها تم الاعتراف بالجامعة من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي في 22/1/2008. وبهذا اكتسبت الجامعة صفتها الرسمية وأصبحت من الجامعات الأهلية في العراق حسب القانون. وللجامعة سبعة فروع في معظم محافظات العراق وهي: النجف الاشرف، ميسان، ذي قار، المثنى، ديالى، صلاح الدين، وكركوك.